主人公天宫诚与小野山日和自小便是喜欢着彼此的青梅竹马,但是有一天二人在海边游玩时发生事故。天宫诚在海边溺水,日和为了救他结果丧失了生命。活下来的主人公自此一蹶不振,之后十余年皆无法忘怀。长大后的天宫诚因父母再婚与继妹天宫雫一同生活,还在放学后到同学穂乃香父亲开的影像出租店打工。一天在打工结束后,同班同学里中凛遭到歹徒袭击,她的哥哥里中优为了保护妹妹而遇刺身亡。在凶杀现场,天宫诚遇见了一位只有自己才能看到的死神少女。死神少女自称“琥珀”,她对能看见自己的人类产生了兴趣,告诉主人公他也命不久矣,并开始了对主人公的监视。
玩家可以进入穂乃香的路线,抚慰了被失去哥哥的痛苦和嫉妒之心支配的里中凛;也可以进入继妹天宫雫的路线,在她的关怀下放下了对日和的牵挂。在完成上述两条线路后,玩家即可进入死神琥珀的线路。
当年在海边溺水身亡的是主人公天宫诚。名为“十六夜”的死神在前来引渡主人公的灵魂之时,被日和阻拦。日和央求十六夜让主人公复活;作为交换,日和被清除记忆,失去生命,成为了十六夜的弟子,得名“琥珀”。得知了琥珀就是为了拯救自己而自愿献出生命的小野山日和后,主人公决定安然接受自己的死亡,将生命还给日和,将她从死神的使命中解放出来。十六夜在主人公弥留之际告诉琥珀,亲吻天宫诚后他便能以死神的身份继续存在于世界中,但被拒绝了。日和在失去死神力量恢复人身和记忆后,亲吻了死去的天宫诚。被二人纯洁的心灵所感动的十六夜将二人送回了在海边溺水的那一天,天宫诚在哭喊着自己名字的日和怀中苏醒,未来的种种宛如遥远的梦境,两人手牵手漫步在落日映照的沙滩上。